Dentro del sistema penitenciario existe un total de 16 casos activos, uno es del Buen Pastor, dos de la Penitenciaría Padre Juan Antonio de la Vega, dos en la Regional de Ciudad del Este, cinco en Emboscada y seis del Centro Penitenciario para Mujeres Serafina Dávalos, de Coronel Oviedo.

El Centro Educativo Sembrador de Villarrica también se encuentra con cierre epidemiológico con 27 adolescentes con síntomas leves de la enfermedad; también nueve funcionarios están con Covid-19, de los cuales dos están internados. Dentro del Centro Educativo Itauguá un adolescente y cuatro funcionarios dieron positivo a la enfermedad.

También se registran casos activos en funcionarios de los Centros Educativos de Ciudad del Este y La Esperanza; sin embargo, no cuentan con cierre epidemiológico debido a que los funcionarios no llegaron a tener contacto con los adolescentes infractores de la ley penal.