«La Academia» es uno de los cinco fundadores de la Asociación Paraguaya de Fútbol y tiene nueve títulos locales.

A nivel internacional, tuvo su mayor logro al llegar a la final de la Copa libertadores de América en el 2014, siendo subcampeón del torneo continental. Es el segundo club paraguayo que tuvo la ocasión de disputar una final de copa luego del Olimpia.

Nacional llegó a esa instancia cumbre bajo la presidencia de Robert Harrison, actual titular de la Asociación Paraguaya de Fútbol.

El máximo ídolo en la historia de la institución alba fue Arsenio Erico «el Saltarín Rojo” cuyo nombre lleva el estadio del club.

Muchas felicidades a todos los hinchas de la vieja Academia, para muchos el segundo club de todos los paraguayos y el único con nombre y apellido «Nacional Querido».