El club legendario nació en la residencia de Juan Patri Bello (actual Alberdi e/ Paraguayo Independiente y Benjamín Constant) quien fue su primer presidente.

Patri Bello pasó a la historia por ser el responsable del único gol con el que Guaraní derrotó a Olimpia en el primer encuentro futbolístico registrado en el país.

La entidad de Dos Bocas es uno de los socios fundadores junto con Olimpia, Nacional, Libertad y General Díaz (Asunción) de la Liga Paraguaya de Football Association (1906), hoy rebautizada bajo la denominación de Asociación Paraguaya de Fútbol (APF).

Guaraní fue el primer campeón invicto de un torneo oficial del fútbol paraguayo (1906) y primer bicampeón invicto (1907) que vio la escena local. 

Otra de sus hazañas más importantes fue cortar la hegemonía de Olimpia al arrebatarle el campeonato de 1984.

El Cacique fue semifinalista de la Copa Libertadores de América en los años 1966 y la recordada edición 2015. Ostenta 11 títulos en Primera y su última consagración data de la Copa Paraguay 2018. 

¡Salud, Cacique!